Star Trek: Deep Space Nine: Yeni Nesil ile aynı zamanda geçmektedir ve 1993'ten başlayarak yedi yıl boyunca yayınlandı. Bir yıldız gemisi yerine başlıca bir uzay istasyonunda geçen tek Uzay Yolu dizisidir. Dizi Kumandan Benjamin L. Sisko (Avery Brooks) tarafından yönetilen ve Bajoran sisteminde yeni keşfedilmiş ve sabit yegane Solucan deliği'nin yanında bulunan uzay istasyonundaki mürettabatın ve istasyon sakinlerinin maceralarını izler. Hikâye hemen yakındaki Bajor gezegenin Cardassia'lılar tarafından işgali, Sisko benzersiz ruhsal rolü ve Dominion ile olan savaş gibi konuları da içerir. Derin Uzay Dokuz Gene Roddenberry'nin daha önceki serilerde yasakladığı uzun seri hikâye anlatımı, mürettabat içinde çatışma gibi konularla diğer Uzay Yolu serilerinden ayrılır.